SMA Nabil Husein mengadakan program khusus bagi siswa penghafal Al-qur’an dengan memberi jam tertentu untuk muroqobah, menghafal, dan murojaah agar hafalan siswa dapat terjaga dan bertambah di sela kesibukan belajar sehari-hari dengan jaminan sertifikat bagi para hafidz/ah yang menyelesaikan target hafalan pada saat kelulusan.